Manual:SQLite/バックアップ
データベースが現在オフラインなら、データベースファイルをコピーするだけでデータベースをバックアップできます。
そうではない場合は、メンテナンス スクリプト php maintenance/SqliteMaintenance.php --backup-to <backup file name>
を使用します。この操作はアトミック (すべての処理が実行されるか全く実行されないかのいずれか) なので、不整合が生じないことが保証されます。
ウィキのデータベースが非常に大きかったり、サーバーの負荷が重かったりしなければ、ウィキを編集しているユーザーは多少のもたつきを感じるだけでしょう。
ウィキを読んでいるだけの利用者は何も感じないでしょう。