Руководство:$wgCookieDomain

Cookies: $wgCookieDomain
Явный домен в файлах cookie для входа в систему.
Введено в версии:	pre 1.1.0
Удалено в версии:	всё ещё используется
Допустимые значения:	(строка)
Значение по умолчанию:	''
Другие настройки: По алфавиту | По функциональности

Подробнее

Устанавливает явный домен в файлах cookie для входа в систему, например, thissubdomain.mydomain.org или .mydomain.org для всех ваших поддоменов.

По умолчанию это не установлено, поэтому функция php setcookie просто устанавливает cookie в текущий домен. Это плохо, например, если ваш сайт доступен как с www.example.com, так и с example.com, поскольку пользователи, вошедшие в первый, будут выходить из системы сразу же после посещения второго.