В новом CT текст внутри тэгов ref переводить не надо, там, как правило, библиографическая ссылка, которая переносится без изменений. Принудительно при копировании абзаца-шаблона сносок поставил "Копировать исходный текст", но при публикации он всё равно был переведён, теперь все сноски нужно вручную, по одной, копировать из исходной статьи.