Manual:$wgCookieDomain/ru

Подробнее
Установите явный домен в файлах cookie для входа в систему, например,  или   для всех ваших поддоменов.

По умолчанию это не установлено, поэтому функция php  просто устанавливает cookie в текущий домен. Это плохо, например, если ваш сайт доступен как с, так и с  , поскольку пользователи, вошедшие в первый, будут выходить из системы сразу же после посещения второго.