User:Raifedora/sandbox

= Koordiimonas gwangyangensis = Tugas Bioinformatika Kelompok 5

Pembuatan pohon filogenetik

 * 1) Program Ugene dibuka, lalu klik File. Setelah itu, klik New Project.
 * 2) Pada kotak dialog Create new project, isi nama proyek pada Project name, tentukan letak file proyek dalam Project folder, dan format file dalam Project file.
 * 3) Untuk mengunduh sekuen yang akan digunakan, klik File, lalu pilih Access remote database.
 * 4) Semua accession number yang akan digunakan diketik pada kotak dialog yang muncul. Setiap accession number dipisahkan dengan spasi. Dipastikan bahwa komputer terhubung dengan internet.
 * 5) Ugene akan mengunduh semua sekuen berdasarkan accession number secara otomatis. Pada kolom sebelah kiri akan muncul sekuen-sekuen yang telah diunduh.
 * 6) Setelah semua sekuen terunduh, semua sekuen ditandai, kemudian klik kanan pada mouse, lalu pilih Export/Import. Setelah itu, pilih Export sequence as alignment.
 * 7) Kotak dialog Export sequence as alignment akan muncul, tentukan tempat penyimpanan alignment dan nama file pada baris Export to file. Setelah itu, klik Export.
 * 8) Akan muncul tampilan layar hasil alignment seperti yang tertera di bawah ini.
 * 9) Untuk melakukan multiple alignment menggunakan ClustalW, pilih menu Actions, lalu pilih Align, kemudian pilih Align with ClustalW.
 * 10) Kotak dialog Align with ClustalW akan muncul, klik Align.
 * 11) Hasil alignment akan muncul. Gaps harus dibuang dengan cara memblok bagian yang akan dibuang, lalu klik delete pada keyboard. Pembuangan gaps dilakukan terutama pada bagian awal dan akhir sekuen.
 * 12) Untuk membuat pohon filogenetik, pilih ikon Build Tree.
 * 13) Pada kotak dialog, Build Phylogenetic Tree, pilih PHYLIP Neighbor Joining pada dropdown menu Tree building method. Distance matrix yang digunakan adalah Jukes-Cantor. Klik radio box Bootstrapping and Consensus Tree, jumlah replika yang digunakan adalah 1000, kemudian klik Build.
 * 14) Pohon filogenetik akan dibuat. Tampilan dapat diubah dengan menyesuaikan pengaturan pohon di kolom sebelah kanan.
 * 15) Untuk menyimpan pohon filogenetik, pilih ikon yang berada di paling kanan seperti pada gambar dibawah ini, lalu pilih Screen Capture.
 * 16) Gambar pohon filogenetik dapat disimpan dalam format JPEG atau format lainnya sesuai keinginan. Ketik nama gambar pada baris File Name, lalu klik OK.
 * 17) Berikut ini adalah gambar pohon filogenetik yang digunakan dalam berkala ilmiah Kwon et al. 2005. Bentuk pohon filogenetik agak berbeda karena perbedaan aplikasi yang digunakan. Kwon et al. menggunakan aplikasi PHYDIT v3.2 dengan metode parsimoni yang tidak terdapat pada aplikasi Ugene.

Referensi
Kwon KK, Lee HS, Yang SH, Kim SJ. 2005. Kordiimonas gwangyangensis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from marine sediments that forms a distinct phyletic lineage (Kordiimonadales ord. nov.) in the ‘Alphaproteobacteria’. ''IJSEM ''55(5):2033-2037.