Extension:PubmedParser/de

Was macht diese Erweiterung?
Die PubmedParser-Erweiterung fügt das Schlüsselwort #PMID hinzu, mit dem ganz einfach wissenschaftliche Artikel aus der Pubmed-Datenbank abgerufen und als Literaturangabe in die Wiki-Seite eingefügt werden können. Die Ausgabe erfolgt als Vorlage mit Parametern, so daß die Formatierungsehr leicht angepaßt werden kann (man muß nur die Vorlage bearbeiten).

Verglichen mit der anderen MediaWiki-Erweiterung für Pubmed-Artikel ("Pubmed") bietet PubmedParser den Vorteil, daß die Anpassung vollständig im Wiki erfolgen kann und keine Systemdateien auf dem Server verändert werden müssen.

PubmedParser kann immer nur eine Literaturangabe auf einmal aus Pubmed herunterladen. Wenn Sie ganze Listen von Artikel benötigen, schauen Sie sich am besten die Erweiterung "Pubmed" an.

Wenn die Cite-Erweiterung ebenfalls installiert ist, können Sie auch ganz einfach Referenzen ( ) einfügen, indem Sie einfach als optionalen Parameter einen "ReferenzNamen" angeben. Dadurch können sehr einfach und sehr übersichtlich Literaturverweise in Ihr Wiki eingefügt werden.

Verwendung
Um den Artikel mit der Pubmed-ID (PMID) 19782018 zu zitieren, fügen Sie einfach folgendes in Ihr Wiki ein:

Dadurch wird intern die folgende Ausgabe erzeugt, die Sie allerdings nicht direkt sehen werden, da die Vorlage "pubmed" durch das Wiki sofort weiter verarbeitet wird. (Falls die Vorlage noch nicht existiert, können Sie auf den dann erscheinenden roten Link klicken, um sie anzulegen.)

Hinweise:
 * Die Vorlage "pubmed" muß in Ihrem Wiki existieren; andernfalls wird ein roter Link "Vorlage:pubmed" angezeigt, auf den Sie klicken können, um die Vorlage anzulegen.
 * Der Name der Vorlage sowie die Namen der Parameter können im Wiki vollständig angepaßt werden (unter Special:AllMessages nach "pubmedparser" suchen).
 * Ihre Vorlage muß nicht alle oben aufgelisteten Parameter verwenden. Unbenutzte Parameter werden einfach verworfen.
 * authors wird mit einer abgekürzten Liste der Autoren ersetzt; wenn Sie die Namen aller Autoren haben wollen, verwenden Sie allauthors in Ihrer Vorlage.
 * journal ist der volle Name des Journals, so wie er in Pubmed gespeichert ist; verwenden Sie journala, um die ISO-Abkürzung zu erhalten.

Wenn Ihre Vorlage also wie folgt aussieht:



Erhalten Sie so etwas wie dies:

Vorlagen-Parameter
Die folgenden Parameter können Sie in ihrer Vorlage verwenden. Beachten Sie, daß Sie die Namen der Parameter nach Ihren Bedürfnissen anpassen können (siehe [[#Anpassen|unten).

Beispiel-Vorlage "pubmed"


Formatiertes Beispiel:

Hinweis: Diese Vorlage benötigt die [Help:Extension:ParserFunctions/de ParserFunctions]-Erweiterung (ermöglicht  ), um den DOI nur dann zu verlinken, wenn er im Pubmed-Datensatz enthalten und von PubmedParser geliefert wird.

Automatisches Hinzufügen von -Tags
Sie können einen zusätzlichen Parameter angeben, um automatisch   hinzufügen zu lassen. Der zusätzliche Parameter wird dabei als Name der Referenz verwendet. Dies erfordert die Erweiterung "Cite". Sie können erneut auf die Quelle verweisen, indem Sie den zusätzlichen Parameter in einem

Da diese Ausgabe von MediaWiki unmittelbar weiterverarbeitet wird (da   eine Vorlage bezeichnet), sehen Sie sie nicht, sondern nur die Fußnote, die von der Cite-Erweiterung generiert wird.

Anpassen
Sowohl der Name der verwendeten Vorlage (Standard: "pubmed") als auch die Namen der Parameter ("authors" usw.) können im Wiki angepaßt werden. Rufen Sie hierzu die Seite Spezial:MediaWiki-Systemnachrichten auf und filtern Sie nach "pubmedparser".

Download
Laden Sie das Archiv (Zip oder Tarball) herunter und extrahieren Sie es in.

Hinweis: $IP steht für das Root-Verzeichnis Ihrer MediaWiki-Installation; das ist dasselbe Verzeichnis, indem sich auch LocalSettings.php befindet.

Installation
Zum Installieren der Erweiterung fügen Sie die folgende Zeile in die Datei LocalSettings.php ein:

Ihr Wiki muß entweder den PHP-Konfigurationsparameter  gesetzt haben oder die curl-Bibliothek bereitstellen, damit die Pubmed-XML-Daten aus dem Web geladen werden können.

Konfigurationsparameter
Es gibt eine Konfigurationsvariable, die Sie ggf. anpassen können:

Sie gibt den Pfad zu einem Cache-Verzeichnis an, in dem die Pubmed-XML-Daten lokal auf Ihrem Server gespeichert werden können. Dadurch muß beim Bearbeiten einer Seite nicht erneut auf den Pubmed-Server zugegriffen werden, sondern es werden die lokalen XML-Daten verwendet. Dies betrifft nur das Bearbeiten von Seiten; beim Abrufen/Ansehen von Wiki-Seiten wird auch ohne Cache nicht erneut auf Pubmed zugegriffen, da MediaWiki die Seiten intern zwischenspeichert.

Damit der lokale Cache funktionieren kann, muß das Verzeichnis auf Ihrem Server existieren sein und für den Server beschreibbar sein (chmod 777). Andernfalls wird PubmedParser ohne Fehlermeldung die Daten von Pubmed abfragen.

'reload'-Parameter
Gelegentlich werden die Datensätze bei Pubmed aktualisiert, z.B. wenn ein Artikel zuerst nur online und später im Print veröffentlicht wird. Um zu erzwingen, daß die Datensatzinformationen trotz vorhandenem Cache neu von Pubmed abgerufen werden, kann der Parameter 'reload' hinzugefügt werden:

oder

Beachten Sie, daß die Datensatzinformationen immer nur dann abgerufen werden, wenn eine Seite bearbeitet wird. Wird die Seite lediglich angezeigt, hat der 'reload'-Parameter keine Auswirkungen. Es werden also keine überflüssigen Abfragen bei Pubmed initiiert.

Code
Der Quellcode liegt in einem Git-Repository und kann hier heruntergeladen oder betrachtet werden: sf.net/p/pubmedparser/code.

Siehe auch

 * Extension:Pubmed
 * Extension:Cite
 * Extension:ProcessCite
 * Extension:AddPaper