User:Raifedora/sandbox

= Koordiimonas gwangyangensis = Tugas Bioinformatika Kelompok 5

Klasifikasi
Phylum  : Proteobacteria

Classis  : Alphaproteobacteria

Genus   : Koordiimonas

Species : Koordiimonas gwangyangensis

Ciri-ciri koloni
Pada cawan petri, koloni Koordiimonas gwangyangensis berwarna putih seperti krim, berbentuk bulat dan translusen.

Isolasi Isolat Koordiimonas gwangyangensis
Sumber isolat yang digunakan sedimen laut yang ada di teluk Gwangyang, Laut selatan Republik Korea.

Cara Isolasi :
Sebanyak 1 gram sedimen diperkaya dengan 100 ppm pyrene dan benzo[a]pyrene (BaP) dalam medium cair MM2. Metode pengkayaan dilakukan selama 2 tahun  pada suhu 10-30 °C.

Komposisi medium cair MM2:

(NH4)2SO4 18 mM; FeSO4.7H2O1 mM; 100 ml larutan buffer KH2PO4/Na2HPO4 1 M dalam 1 liter air laut, pH 7,2

Setelah itu, campuran slurry yang diperoleh didilusi dan diambil sebanyak 100 µl untuk di-plating pada marine agar 2216 (MA; Difco).

Karakterisasi
Isolat yang diperoleh dikultivasi selama 2-3 hari pada suhu 30 °C pada media MA untuk karakterisasi morfologi dan biokimia.

Penentuan laju degradasi BaP oleh strain GW 14-5T
Metode yang digunakan adalah metode fluorimetri. BaP 40 ppb dan 2-hydroxypropyl-b-cyclodextrin 1% dilarutkan dalam medium cair MM2 dan kemudian diinokulasi dengan strain GW 14-5T. Intensitas relatif dari fluoresensi (eksitasi pada 293 nm, emisi pada 406 nm) diukur setelah inkubasi hari ke-1, 3,4, dan 10.

Penentuan laju degradasi hidrokarbon aromatic polisiklik (PAH)
Senyawa PAH terdiri dari fluorine, phenanthrene, anthracene, pyrene, chrysene, dan BaP. Metode penentuan laju degradasi yang digunakan adalah metode GC sesuai dengan Sohn et al. (2004). Masing- masing senyawa PAH diinkubasi pada suhu 30 °C selama kurang lebih 1 minggu. Penentuan laju degradasi hidrokarbon aromatik polisiklik ini diulang sebanyak tiga kali,

=== Pembuatan pohon filogenetik ===
 * 1) Program Ugene dibuka, lalu klik File. Setelah itu, klik New Project.
 * 2) Pada kotak dialog Create new project, isi nama proyek pada Project name, tentukan letak file proyek dalam Project folder, dan format file dalam Project file.
 * 3) Untuk mengunduh sekuen yang akan digunakan, klik File, lalu pilih Access remote database.
 * 4) Semua accession number yang akan digunakan diketik pada kotak dialog yang muncul. Setiap accession number dipisahkan dengan spasi. Dipastikan bahwa komputer terhubung dengan internet.
 * 5) Ugene akan mengunduh semua sekuen berdasarkan accession number secara otomatis. Pada kolom sebelah kiri akan muncul sekuen-sekuen yang telah diunduh.
 * 6) Setelah semua sekuen terunduh, semua sekuen ditandai, kemudian klik kanan pada mouse, lalu pilih Export/Import. Setelah itu, pilih Export sequence as alignment.
 * 7) Kotak dialog Export sequence as alignment akan muncul, tentukan tempat penyimpanan alignment dan nama file pada baris Export to file. Setelah itu, klik Export.
 * 8) Akan muncul tampilan layar hasil alignment seperti yang tertera di bawah ini.
 * 9) Untuk melakukan multiple alignment menggunakan ClustalW, pilih menu Actions, lalu pilih Align, kemudian pilih Align with ClustalW.
 * 10) Kotak dialog Align with ClustalW akan muncul, klik Align.
 * 11) Hasil alignment akan muncul. Gaps harus dibuang dengan cara memblok bagian yang akan dibuang, lalu klik delete pada keyboard. Pembuangan gaps dilakukan terutama pada bagian awal dan akhir sekuen.
 * 12) Untuk membuat pohon filogenetik, pilih ikon Build Tree.
 * 13) Pada kotak dialog, Build Phylogenetic Tree, pilih PHYLIP Neighbor Joining pada dropdown menu Tree building method. Distance matrix yang digunakan adalah Jukes-Cantor. Klik radio box Bootstrapping and Consensus Tree, jumlah replika yang digunakan adalah 1000, kemudian klik Build.
 * 14) Pohon filogenetik akan dibuat. Tampilan dapat diubah dengan menyesuaikan pengaturan pohon di kolom sebelah kanan.
 * 15) Untuk menyimpan pohon filogenetik, pilih ikon yang berada di paling kanan seperti pada gambar dibawah ini, lalu pilih Screen Capture.
 * 16) Gambar pohon filogenetik dapat disimpan dalam format JPEG atau format lainnya sesuai keinginan. Ketik nama gambar pada baris File Name, lalu klik OK.

Penentuan laju degradasi BaP oleh strain GW 14-5T
Fluoresensi dari BaP dalam medium kultur menurun secara signifikan selama periode inkubasi bila dibandingkan dengan kontrol (tidak diinokulasi).

Penentuan laju degradasi hidrokarbon aromatic polisiklik (PAH)
Laju degradasi senyawa relatif diperoleh terhadap kontrol yang tidak diinokulasi, yaitu fluorene 42,1±19,2%; phenanthrene 20,8±16,7%; anthracene 13,9±14,3%; pyrene 18,1±11,2%; dan BaP 28,0± 4,8%.

Chrysene tidak terdegradasi selama waktu inkubasi.

Referensi
Kwon KK, Lee HS, Yang SH, Kim SJ. 2005. Kordiimonas gwangyangensis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from marine sediments that forms a distinct phyletic lineage (Kordiimonadales ord. nov.) in the ‘Alphaproteobacteria’. ''IJSEM ''55(5):2033-2037.