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FileZilla ist ein FTP-Programm (übrigens ein sehr gutes) und mit FTP kann man keine Dateien ausführen. Der Befehl php update.php oder php maintenance/update.php ist für die Shell gedacht, also für Zugang über SSH. Da kann man Dateien ausführen. Neue Versionen von MediaWiki haben übrigens als mw-config/index.php einen Web-Updater. Der macht dasselbe wie update.php, aber man ruft ihn über den Webbrowser auf. Das klappt auch, wenn man keinen SSH-Zugang hat.